Национальная академия наук Высшей школы Казахстана была образована как Казахстанское отделение Международной Академии Наук Высшей Школы (МАН ВШ) в 1992 году.
МАН ВШ — неправительственная организация, объединяющая почти 1200 крупных и известных учёных и педагогов системы профессионального образования 45 стран мира.
В состав Академии входят 43 вуза страны, более 136 членов из всех регионов Казахстана.
В 2012 году «Общественная Академия Наук Высшей Школы Казахстана» была реорганизована в Учреждение «Национальная Академия Наук Высшей Школы Казахстана».